Tugas Auditor Internal UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta adalah sebagai berikut :
a. Menyusun dan melaksanakan rencana Audit Mutu Internal tahunan.
b. Menguji dan mengevaluasi pelaksanaan pengendalian Audit Mutu Internal.
c. Memberikan saran perbaikan dan informasi yang objektif tentang kegiatan yang diperiksa pada semua tingkat manajemen.
d. Membuat laporan hasil audit dan menyampaikan laporan tersebut kepada Rektor.
e. Memantau, menganalisa dan melaporkan pelaksanaan tindak lanjut perbaikan yang telah disarankan.
f. Melakukan pemeriksaan khusus apabila diperlukan
DAFTAR NAMA-NAMA AUDITOR INTERNAL
| 1 | Abdul Mughits, S.Ag., M.Ag. | 26 | Dr. Thaqibul Fikri Niyartama, M.Si. | 51 | Muhammad Jafar Shodiq, S.Pd.I, M.S.I. |
| 2 | Achmad Zainal Arifin, M.Ag, MA., Ph.D. | 27 | Dr. Yani Tri Wijayanti, M.Si | 52 | Muh. Johan Nasrul Huda, S.Psi.,M.Si. |
| 3 | Agus Mulyanto, S.Si.,M.Kom. | 28 | Dr. Zamakhsari, M.Pd. | 53 | Muh. Toriq Nurmadiansyah, S.Ag.,M.Si. |
| 4 | Ambar Sari Dewi, M.Si. | 29 | Dra. Endang Sulistyawati, M.Pd.I | 54 | Muhammad Ja’far Luthfi, M.Si, Ph.D |
| 5 | Aris Risdiana, S.Sos.I., MM. | 30 | Dra. Hj. Marfuah Sri Sanityastuti, M.Si | 55 | Muhammad Ridwan, S.IP. |
| 6 | Benny Herlena, M.Si. | 31 | Dra. Mikhriani, MM. | 56 | Nuristighfari Masri Kh., S.Psi.,M.Psi. |
| 7 | Bono Setyo, M.Si. | 32 | Dra. Siti Khomsiyah | 57 | Noor Saif Muhammad Mussafi, M.Sc |
| 8 | Dr. Abdul Mujib, S.Ag, M.Ag. | 33 | Dr. Abdul Rozak, M.Pd. | 58 | Prof. Dr. Sangkot Sirait, M.Ag. |
| 9 | Dr. Ahmad Bahiej, S.H., M.Hum. | 34 | Drs. H. Mohamad Yusup, M.Ag | 59 | Pamuji, S.Ag, S.IPI., M.IP. |
| 10 | Dr. Arifah Khusnuryani, S.Si., M.Si. | 35 | Drs. H. Sedya Santosa, SS, M.Pd | 60 | Ratna Eryani, S.Ag. |
| 11 | Dr. Bambang Sugiantoro, S.Si, MT. | 36 | Dwi Margo Yuwono, M.Hum. | 61 | Rama Kertamukti, S.Sos, M.Sn |
| 12 | Dr. H. Abdul Mujib, S.Ag, M.Ag | 37 | Fatma Amilia, M.Si. | 62 | Rahmadhan Gatra, S.T. |
| 13 | Dr. H. Sumedi, M.Ag. | 38 | Faisal Luqman Hakim, S.H., M.Hum | 63 | Sumarsono, S.T, M.Kom |
| 14 | Dr. H.M. Alfatih Suryadilaga, M.Ag | 39 | Hendra Hidayat, S.Kom. | 64 | Sunarsih, S.E., M.Si. |
| 15 | Dr. Irsyadunnas, M.Ag. | 40 | Imam Iqbal, S.Fil.I, M.S.I. | 65 | Sara Palila, S.Psi,Psi, M.A. |
| 16 | Dr. M. Alfatih Suryadilaga, M.Ag. | 41 | Ika Nugraheni Ari Martiwi, S.Si, M.Sc | 66 | Siti Jahroh, S.H.I., M.S.I. |
| 17 | Dr. Muhammad Fakhri Husein, SE., M.Si. | 42 | Jauhar Faradis, S.H.I, M.A. | 67 | Sri Purnami, S.Psi, MA. |
| 18 | Dr. Maharsi, M.Hum. | 43 | Khoirul Anwar, S.Ag., M.A. | 68 | Sulistiyantoro Pangarso, M.M. |
| 19 | Dr. Muh. Wasith Achadi, S.Ag., M.Ag. | 44 | Khoiro Ummatin, S.Ag, M.Si. | ||
| 20 | Dr. Musthofa, S.Ag, M.Si. | 45 | Mohamad Agung Rokhimawan, M.Pd | ||
| 21 | Dr. Napsiah, S.Sos, M.Si. | 46 | Muchammad Abrori, S.Si., M.Kom. | ||
| 22 | Dr. Nur Hidayat, M.Ag. | 47 | M. Hidayat Noor, M.Si. | ||
| 23 | Dr. Shofiyullah MZ, M.Ag. | 48 | M. Saidul Muzakki, S.Pd.I., M.Pd. | ||
| 24 | Dr. Shofwatul ‘Uyun, M.Kom. | 49 | Dr. Mansur, S.Ag.,M.Ag. | ||
| 25 | Dr. Sulistyaningsih, S.Sos, M.Si. | 50 | Mardi Riyanto, S.Kom., MM. |